Namun, yayasan ini juga telah mendapat kritik karena dituduh memiliki pengaruh yang berlebihan dalam sektor kesehatan global, termasuk dalam WHO, dan adanya keprihatinan mengenai mekanisme akuntabilitas yang cukup efektif.
Para kritikus juga telah mencatat tentang kontribusi "amal" yang dapat dikurangkan dari pajak yang diberikan oleh Gates Foundation kepada perusahaan-perusahaan yang dimiliki oleh pendiri Microsoft, Bill Gates.
Pendanaan baru yang diumumkan oleh yayasan ini diharapkan akan memberikan dorongan signifikan dalam pengembangan teknologi penyelamat jiwa di Afrika, dengan dukungan laboratorium-laboratorium di benua tersebut.
Amadou Sall, kepala eksekutif Institut Pasteur de Dakar, menyatakan, "Memperluas kapasitas kita untuk menemukan dan memproduksi vaksin mRNA yang terjangkau di Afrika merupakan langkah penting menuju kemandirian dalam produksi vaksin di kawasan ini."